林冠華生前在臉書最後留言呼籲「部長，退回課綱吧！」但教育部長吳思華強調不會退回微調課綱，「新舊教科書並行就代表新舊課綱並行」，「我們已給予不同的課綱同樣的尊重」，所有課綱引發爭議，「我願意負完全責任」。
何謂負責？吳說：「我會做適當的表達。」媒體問：「部長會下臺？」吳思華未回應。是否對學生撤告？吳思華表示：「如果同學知道行為脫序，一定會在法律上釋出最大善意。」媒體追問，最大善意是否包含撤告？吳思華只重申，會在法院中表達善意，未明確承諾。媒體進一步詢問是否會對林冠華撤告時，吳思華則說：「他已經往生了，在法律上不再是我們告訴的對象。」此話一出立刻被批既失言又冷血。
吳思華表示，他聽到林冠華輕生消息就即刻趕到林家，向其父母致意。教育部隨後公布了林冠華母親錄的一段話，強調感謝教育局、師長的支持和關懷，也希望針對課綱議題，每個人都有發表權利，但不要模糊任何焦點或作不恰當討論。
吳思華表示，課綱爭議是臺灣社會長期存在的爭議，教育部將編成補充教材，希望透過老師導引，變成課堂討論的議題，臺灣社會才有和解的可能，如果一味把這問題當成政治問題來處理，變成兩個對立力量，對臺灣整體的發展是很大的損失及災難。
外界認為教育部要求學校「關懷」特定學生，疑似為促使學生更加不滿的導火線，吳思華表示，追訴不是教育部的目的，「我們很希望約這些同學見面，如果他不願見面，也可透過老師表達想法」。如果他們可以認知自己做了脫序行為，教育部就願意表達最大善意，「我願透露，過去這幾個禮拜，我們跟不同學生團體其實私下有見面，有很好對話，也形成相當程度共識。」
但北高盟學生要求吳思華說清楚，交代他與哪個學生團體私下見面？且達成什麼共識？否則就是公開說謊。
人本教育基金會執行長馮喬蘭則斥部長「倒果為因」，教育部從頭到尾是拿違法的課綱要逼臺灣社會及學生吞下去，吳思華迄今不肯面對大家提出的質疑，教育部正是讓老師絕食抗議、學生站上街頭甚至作出激烈抗議的始作俑者。教育部迄今不肯撤回黑箱課綱，恐怕要迫使更多民眾表達不滿。
