一、遭伊斯蘭教極端組織「伊斯蘭國（ＩＳ）」分支「伊斯蘭國西奈省（Wilayat Sinai）」擊落
伊斯蘭國西奈省在事發當日即自稱犯行，但專家對其說法存疑。法國航空博物館前館長費勒德茲（Gerard Feldzer）指出，該組織要得手，必須擁有移動式雷達追蹤系統和長程飛彈，但「ＩＳ沒有工具可擊落位於九千公尺高空的飛機」。法國民航安全調查分析局（ＢＥＡ）前局長托阿德克也說，要擊落這種高度的飛機，除了要有「難以使用」的飛彈，還必須由經過訓練的人員來操作，而「就我所知，ＩＳ統統沒有」。
二、恐怖攻擊
飛航專家不排除恐怖份子預先在飛機上放置炸彈的可能性，但也有專家持不同看法，因為埃及機場對行李管制十分嚴格。
三、機械故障
俄國大型航空公司近年來積極升級航班，以擺脫飛安不佳的惡名；經營區域航線、主要服務俄國貧民的小型航空公司，則成為老舊飛機的去處。埃及飛航官員透露，機長曾抱怨通訊設備失效，但科加雷姆聲稱失事班機去年才通過安檢。當局也說沒理由將這次失事指向技術問題或人為疏失。
四、人為疏失
科加雷姆提供的資料顯示，不幸殉職的機長涅莫夫總飛行時數逾一萬兩千小時，其中包括駕駛失事機型空巴A321的三八六○小時。此外，失事原因已排除天候因素。
