在失蹤1個月後，中國官方7月25日終於宣布秦剛被免去外長職務，任職期間僅7個月，成為中共建政以來任期最短的外長。中國官方未說明秦剛被免職的原因，但有網友翻出秦剛在6月9日參與中國國務院會議時的照片，當時秦剛背靠在椅座上，垂頭看下方，無精打采，似乎露出疲態，不像其他官員都在做筆記，抄錄國務院總理李強的談話。
根據官媒新華社報導，國務院總理李強6月9日主持國務院第2次專題學習，國務院副總理和國務委員作交流發言。新華社發布會議照片顯示，總理李強坐在中間，未戴口罩，包括秦剛在內的幾名副總理、國務委員都戴口罩，其他官員都在做筆記，只有左側的秦剛背靠在椅座上，垂頭看下方，無精打彩，似乎露出疲態。
中國中央電視台播出的會議畫面也顯示，幾乎所有官員雙手放在桌面上做筆記，而秦剛的公文袋卻放在會議桌上，與其他與會者，狀態明顯不一致。
新華網的照片被翻出後，引發微博上的中國網友熱議：「（秦剛）當時就生病了？」「瞧他的坐姿！」「很隨意的坐姿。」「這態度，很微妙。」「感覺他靠著椅子在休息，是困了嗎？」「期待真相。」
中國官方25日沒有披露秦剛被免職的原因，但仍保留其國務委員的職務。中國國務院官網已更新秦剛的資料，其簡歷刪掉了外長的職務，顯示為「現任20屆中央委員，國務委員、國務院黨組成員」，是5名國務委員中的最後1個。
57歲的秦剛最後一次公開露面，是在6月25日會見訪中的越南、斯里蘭卡外長和俄羅斯副外長。之後北京當局取消了秦剛和歐盟外長等人的一系列活動，同時秦剛也缺席了與美國財長葉倫等人一系列外交活動。
面對外界詢問秦剛失蹤原因，中國官方的說法是「身體因素」。但外界質疑可能和秦剛與鳳凰衛視主持人傅曉田婚外情且生子，而傅曉田有美國籍，以及中國外交體系內鬥嚴重有關。
秦剛被免去外長職務，並由中共中央外事工作委員會辦公室主任、前外長王毅回鍋擔任外長一事產生的影響深遠。外界不少分析認為，秦剛被免職，暴露出習近平判斷的失誤。
