美國國防部7月31日宣布，2001年9月11日恐怖襲擊主謀穆罕默德（Khalid Sheikh Mohammed）及2名同夥同意認罪，換取無期徒刑。此舉標誌著這起造成數千人喪生、改變美國和中東地區命運的襲擊事件，終於迎來遲來的解決方案，而此案延宕逾廿年，顯示美國處理恐怖主義案件的困難，部分受害者家屬對此結果表示失望，認為無法彰顯正義。人權組織呼籲關閉古巴關塔那摩灣拘留中心，並要求避免人權侵犯，此發展可能為美國反恐司法程序畫上句點。

據五角大廈透露，穆罕默德及同夥阿塔希（Walid bin Attash）和豪薩維（Mustafa al-Hawsawi）預計最快將於下週在古巴關塔那摩灣的軍事法庭認罪。

辯護律師已要求，作為認罪交換條件，這些被告應被判處無期徒刑。聯邦政府已向約3000名911事件直接受害者的部分家屬發出了相關信函。國防部官員拒絕立即公布認罪協議的完整條款，但一位不願透露姓名的美國官員表示，認罪協議幾乎可以肯定涉及認罪以換取免除死刑。

這項協議的達成距離對這些人的起訴已超過16年，距離911事件本身更已超過20年。當時，恐怖分子劫持了4架商業客機，將其中3架分別撞向紐約世界貿易中心和五角大廈。第4架原本飛往華盛頓，但機組人員和乘客試圖奪回控制權，最終墜毀在賓州一片田野中。

美國當局指出，使用飛機作為武器的想法源自穆罕默德。據稱，他獲得了開打恐怖組織（al-Qaeda）領導人賓拉登（Osama bin Laden）的批准，策劃了劫機和殺戮行動。美軍於2011年擊斃賓拉登。

除了法庭位置遠離美國本土外，酷刑問題也是導致訴訟程序延遲的主要原因。穆罕默德2003年被捕，並在被關在關塔那摩灣之前，曾在美國中情局（CIA）遭受183次水刑及其他酷刑。酷刑的證據未被接納，使得審判延誤。國際特赦組織美國分部（Amnesty International USA）主任埃維亞塔（Daphne Eviatar）對認罪表示歡迎，但呼籲關閉關塔那摩灣拘留中心，並要求防止未來發生強迫失蹤、酷刑等人權侵犯行為。

受害者家屬對主謀認罪的反應各不相同。9/11聯合家庭（9/11 Families United）負責人斯特拉達（Terry Strada）表示，她雖然歡迎被告認罪，但認為他們應該接受公開審判，而不是以認罪協議的方式結束司法程序。另一位受害者家屬伯克（Michael Burke）則對認罪協議感到憤怒，他認為讓這些罪犯逍遙法外太久了，認罪協議無法平息家屬心中的憤怒。

國會參議院共和黨領袖麥康奈（Mitch McConnell）對認罪協議表示譴責，他認為：「與恐怖分子談判最糟糕的事情，莫過於在他們被捕後與他們談判。」

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